Samudra Pasai
Kerajaan Islam yang pertama kali di wilayah Nusantara diperkirakan muncul pada abad ke-13, yaitu Kesultanan Samudra Pasai. Kerajaan Islam biasanya disebut kesultanan. Munculnya Samudra Pasai mendapat dukungan dari para pedagang Islam dan para mubalig. Hal ini merupakan hasil proses Islamisasi di daerah-daerah pantai yang disinggahi para pedagang muslim. Sultan Malik al Saleh (1297) merupakan raja di Nusantara yang memeluk agama Islam.
Kesultanan Samudra Pasai terus berkembang, khususnya di bidang pelayaran dan perdagangan. Hubungan dengan Malaka pun semakin ramai. Akhirnya, pada awal abad ke-15 kesultanan ini menjadi pusat kerajaan Islam.
Mengenai Kerajaan Samudra Pasai diperkuat oleh keterangan pedagang dari Venesia, yaitu Marcopolo yang pernah singgah di Perlak tahun 1292 M. Demikian pula catatan pengembara dari Maroko bernama Ibnu Batutah.
Sultan Malik al Saleh digantikan putranya yang bernama Sultan Malik al Tahir pada tahun 1297. Beliau memerintah sampai tahun 1326. Pada abad ke-15, Samudra Pasai mengalami kemunduran. Selanjutnya, jalur perdagangan di Selat Malaka dikuasai Kesultanan Malaka.
Kesultanan Malaka
Raja pertama kesultanan Malaka adalah Sultan Iskandar Syah. Nama aslinya bernama Paramisora. Beliau adalah bangsawan yang berasal dari Kerajaan Majapahit. Pada tahun 1390, ia menobatkan dirinya sebagai sultan. Pemerintahannya berlangsung sampai tahun 1413. Penggantinya adalah Sultan Megat Iskandar Syah. Malaka mulai berkembang dengan pesat pada masa pemerintahannya. Untuk selanjutnya, Sultan Muhamad Syah digantikan oleh anaknya yang bernama Sultan Parameswara Dewa Syah.
Malaka sebagai pusat perdagangan dan penyebaran agama Islam mencapai puncaknya pada masa pemerintahan Sultan Muzafar Syah. Usaha membesarkan Malaka itu dilanjutkan oleh putranya, Sultan Mansur Syah. Pada masa ini, Malaka memiliki angkatan laut yang sangat kuat dengan panglima laut yang terkenalnya adalah Hang Tuah. Kerajaan Malaka mulai mengalami kemunduran pada masa pemerintahan Sultan Mahmud Syah karena kedatangan bangsa Portugis yang dipimpin oleh Alfonso d’Albuquerque.
Kesultanan Aceh
Pada awalnya, Aceh di bawah kekuasaan Pedir. Pada tahun 1520, Aceh melepaskan diri dari Pedir. Raja pertama Aceh adalah Sultan Ali Muqhayat Syah atau Sultan Ibrahim. Di bawah kekuasaannya, Aceh mulai memperluas wilayah ke daerah-daerah sekitarnya. Seperti Pidie, Pasai, Daya, Danau Toba, Siak, Bengkulu, sampai Johor Malaysia.
Selanjutnya, Aceh diperintah oleh Sultan Alauddin Riayat Syah. Dia menjalin hubungan dengan daerah pantai barat. Selanjutnya setelah ia meninggal diganti oleh putranya, yaitu Sultan Husain. Akan tetapi, Sultan Husain tidak disenangi oleh saudara-saudaranya sehingga timbulah perang saudara. Sultan Husain dalam peristiwa itu tewas. Kesultanan Aceh kemudian diperintah oleh Sultan Ali Riayat Syah.
Sultan Aceh yang terkenal adalah Sultan Iskandar Muda. Pada masa pemerintahannya, Kesultanan Aceh mencapai puncak kejayaan. Aceh menguasai jalur perdagangan dan menjadi bandar transito yang menghubungkan perdagangan Islam dengan Asia Barat. Perkembangan agama Islam maju pesat ditandai dengan munculnya ulama, ahli fiqih dan penulis terkenal seperti Hamzah Fansyuri Singkel yang membuat terjemahan Alquran dalam bahasa melayu.
Sultan Iskandar Muda adalah Sultan Aceh yang kuat, cerdas, berani dan mampu melaksanakan cita-citanya. Pendidikan agama yang melandasi cita-citanya sangat diperhatikan. Banyak ulama dari Mesir, Turki, dan Arab didatangkan. Rakyat Aceh menerima pendidikan agama Islam dengan baik sehingga Aceh disebut Serambi Mekah. Artinya, Aceh sebagai pusat agama Islam.
Kesultanan Banten
Kesultanan Banten berdiri tahun 1568. Sultan Hasanuddin merupakan sultan pertamanya sampai tahun 1570. Penggantinya adalah putranya yang bernama Maulana Yusuf. Beliau adalah orang yang kuat dan penuh semangat dalam melanjutkan cita-cita ayahnya. Ia berusaha meluaskan daerah kekuasaannya ke arah timur.
Pada tahun 1580, Maulana Yusuf meninggal dunia dan digantikan Maulana Muhammad dengan gelar Ratu Banten. Pada saat pemerintahannya, Belanda untuk pertama kalinya datang ke Nusantara.
Kesultanan Banten mencapai puncak kejayaannya pada masa pemerintahan dipegang oleh Sultan Abdul Fatah yang lebih dikenal dengan nama Sultan Ageng Tirtayasa (1651-1682). Politiknya sangat keras terhadap kompeni Belanda. Beliau sangat terkenal sebagai musuh besar VOC.
Kesultanan Gowa Tallo
Sampai akhir abad ke-15, di Semenanjung Selatan Sulawesi telah berdiri beberapa kerajaan kecil, yaitu Gowa dan Tallo di sebelah barat.
Pada abad ke 17, agama Islam baru masuk ke Gowa Tallo setelah seorang melayu yang bernama Dato’ri Bandang datang ke Gowa Tallo. Raja Tallo yang pertama masuk Islam adalah Karaeng Matoaya (raja ke-6). Kemudian beliau bergelar Sultan Abdullah Awalul Islam. Sementara Raja Gowa yang masuk Islam adalah Daeng Manrabia (raja ke-14) yang bergelar Sultan Alaudin (1591-1638).
Pada saat itu, Raja Tallo Karaeng Matoaya merangkap sebagai Mangkubumi Kerajaan Gowa. Oleh karena itu, Kerajaan Gowa dan Kerajaan Tallo dijadikan satu kerajaan yang bernama Kesultanan Gowa Tallo dan akhirnya terkenal dengan nama Kesultanan Makassar (Mangkassar).
Sultan yang berhasil memajukan Kesultanan Makassar maju dengan pesat adalah Sultan Hasanuddin (1653-1669). Dia menggantikan ayahnya yang bernama Sultan Muhammad Said. Sultan Hasanuddin terkenal berani dan bersikap tegas. Beliau tidak senang melihat VOC bertindak sewenang-wenang. Beliau juga tidak mau tunduk terhadap peraturan Belanda, sehingga mendapat sebutan Ayam Jantan dari Timur.
Kesultanan Ternate dan Tidore
Sejak abad ke-13, Kepulauan Maluku sudah dikunjungi para pedagang yang beragama Islam. Maluku sebagai penghasil cengkeh dan pala, menarik perhatian pedagang dari berbagai negara. Perdagangan rempah-rempah ini sangat menguntungkan bagi rakyat Maluku.
Pada saat itu, Kesultanan Ternate dan Tidore merupakan kerajaan besar di Maluku. Ternate dipimpin Persekutuan Lima Negara (Uli-Lima), yaitu Ternate, Bacan, Obi, Ambon dan Seram. Sementara Tidore memimpin Persekutuan Sembilan Negara (Uli-Siwa), yaitu kerajaan yang berada antara Pulau Halmahera sampai Pulau Irian, Jailolo, dan Makinan.
Pada akhir abad ke-15 awal abad ke-16, agama Islam menyebar di Maluku melalui jalur perdagangan. Daerah Islam pertama ialah Hitu (Ambon) yang kemudian menjadi pusat penyiaran agama Islam. Sunan Giri dari Gresik melalui utusannya berhasil menyiarkan agama Islam di Maluku. Nama dan pengaruh Sunan Giri sangat terkenal di kalangan rakyat biasa hingga ke lingkungan Istana. Hubungan dagang antara Maluku dan Jawa Timur pun bertambah ramai. Itu pula sebabnya Sultan Zainal Abidin dari Ternate belajar agama Islam di pesantren Sunan Giri di Gresik. Ketika sedang berguru di pesantren itu, namanya terkenal dengan Raja Bulawa, artinya raja cengkeh. Beliau berguru ditemani oleh Perdana Menteri Jamilu dari Hitu.
Banyak kekayaan alam terutama rempah-rempah di Maluku membuat banyak orang asing ingin menguasai daerah itu. Terbukti dengan datangnya bangsa Portugis. Kedatangan bangsa Portugis itu tidak disenangi oleh rakyat Maluku karena menganggap Maluku seolah-olah daerah kekuasaannya.
Sultan Hairun yang berkuasa di Ternate pada tahun 1535-1570, menentang keras dan menolak aturan dagang monopoli Portugis. Terlebih setelah Portugis beriskap licik pada Ternate. Pada tanggal 28 Februari 1570, Sultan Hairun dibunuh pihak Portugis. Putra Sultan Hairun yang bernama Sultan Baabullah (1570-1583) menggantikan ayahnya memimpin penyerangan. Selama 5 tahun benteng Portugis dikepung oleh tentara Ternate. Akhirnya, Portugis menyerah. Sultan Baabullah terus melakukan pengejaran untuk mengenyahkan Portugis di bumi Maluku. Tujuh puluh dua pulau di Maluku berhasil dikuasainya. Oleh karena itu, beliau menyebut dirinya “Yang Dipertuan di 72 Pulau”. Beliau pun berhasil memperluas daerah kekuasannya sampai ke Filipina. Kekuasaan Portugis berakhir pada tahun 1575.
Setelah mengalami pasang surut, akhirnya Kesultanan Tidore bangkit kembali dengan ibu kotanya di Soa-Siu. Pada tahun 1757, Sultan Jamaluddin naik tahta. Waktu itu, VOC sudah lama berkuasa di Maluku. VOC menuntut agar Sultan Jamaluddin menyerahkan Seram Timur yang banyak menghasilkan rempah-rempah kepada Belanda. Tuntutan Belanda tentu saja ditolak oleh Tidore. Akibatnya pada tahun 1779 sultan dan putranya (Budiusaman) ditangkap dan dibuang ke Batavia (Betawi). Untuk menggantikan sultan, Belanda mengangkat Sultan Patra Alam. Patra Alam kemudian memerintahkan penangkapan terhadap Nuku dan Kamaludin (kedua putra Sultan Jamaludin). Kamaludin dapat ditangkap, tetapi Nuku berhasil meloloskan diri.
Pada tahun 1781, Nuku dinobatkan menjadi Sultan Tidore, Seram, dan Irian oleh rakyat. Nuku mulai menyusun angkatan perang yang kuat di Pulau Seram untuk menghantam Belanda. Pada tahun 1797, ia memimpin penyerangan Tidore. Namun, tidak ada perlawanan dari Belanda. Nuku meninggal pada tahun 1805.